Полное секвенирование экзома "ЭКСПЕРТ" включает анализ кодирующих последовательностей
всех генов а также всех известных патогенных вариантов в некодирующих регионах генома и
полное секвенирование митохондриального генома. Он позволяет одномоментно провести
поиск патогенных вариантов, связанных практически со всеми известными моногенными
заболеваниями.
Виды генетических изменений, определяемых полным секвенированием экзома "ЭКСПЕРТ-
ЭКСПРЕСС":
Однонуклеотидные и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV) в экзонах всех генов;
Более 13000 однонуклеотидных и мультинуклеотидных вариантов (SNV и MNV) в клинически
значимых некодирующих областях генома;
Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов
Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и
дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с ограничениями);
Полное секвенирование митохондриального генома.
Метод исследования и его клиническая эффективность:
Секвенирование нового поколения (NGS) со средним числом прочтений каждого участка генома
70x (это означает, что каждый участок генома прочитывается в среднем 70 раз для снижения
влияния технических ошибок сиквенса на результаты исследования). При полном секвенировании
экзома "ЭКСПЕРТ" после секвенирования панелей генов дополнительно выявляются от 10 до 20%
патогенных вариантов. Если тест выполнялся в качестве первой линии диагностики, вероятность
обнаружения патогенных/вероятно патогенных вариантов составляет 20-45% в зависимости от
заболевания.
Ограничения метода:
Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие
псевдогены, паралоги, сегментарные повторы). Точность метода, также снижена в сложных
участках генома (GC богатые и poly-n участки).
Заключение по результатам исследования:
В результате исследования может быть получена информация о десятках тысяч генетических
вариантов, которые, как правило, являются непатогенными, даже если и находятся в клинически
значимых генах. Для оценки патогенности каждого обнаруженного варианта используются
специальные алгоритмы, которые позволяют выделить только варианты, которые с наибольшей
вероятностью могут быть патогенными. Таких вариантов может быть от нескольких до нескольких
десятков. Если при заказе исследования пациент представил медицинскую документацию, то
среди клинически значимых вариантов вариантов выбираются те, которые имеют отношение к
фенотипу пациента. В заключение включаются только варианты, являющиеся патогенными и
вероятно патогенными в соответствии с критериями ACMG или классифицированы таковыми в
базе данных ClinVar и имеющие связь с фенотипом пациента. К заключению прилагается файл со
всеми обнаруженными вариантами. Однако, следует знать, что интерпретация данных
секвенирования является непростой задачей, требующих специальных знаний. Только врач-
генетик, прошедший специальную подготовку может дать правильную консультацию по результатам исследования.
Исследование первой линии, когда нужно быстро поставить диагноз у пациентов с "широким
фенотипом", когда нет специфических признаков какого либо заболевания или группы
заболеваний при отсутствии четкой клинической гипотезы, для генетически гетерогенных
заболеваний, когда выбор одной панели генов затруднителен.
Исследование второй линии, когда другими методами не удалось установить причину
заболевания, но есть высокая вероятность его генетической природы.
В некоторых случаях рекомендуется проведение исследования пробанду и родителям с целью
поиска генов с неизвестной клинической значимостью (GUS). При обнаружении общего
патогенного варианта в таких генах можно рассматривать их как причину заболевания, при
наличии дополнительной информации об этих генах и обнаруженных вариантах.
Полное секвенирование экзома "ЭКСПЕРТ" в некоторых случаях может быть полезно для
переанализа данных, когда может появиться информация о клинической значимости генов,
которые ранее были классифицированы как гены с неизвестной клинической значимостью (GUS)
Как исследование второй линии, когда не удалось выявить причину заболеваний таргетными
методами или при секвенировании панелей генов.
Специальной подготовки не требуется.