Полное секвенирование экзома "ЭКСПЕРТ" включает анализ кодирующих последовательностей
всех генов а также всех известных патогенных вариантов в некодирующих регионах генома и
полное секвенирование митохондриального генома. В исследование включены как клинически
значимые, так и все остальные гены человека.
Виды генетических изменений, определяемых полным секвенированием экзома:
Однонуклеотидные и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV) в экзонах всех генов;
Более 13000 однонуклеотидных и мультинуклеотидных вариантов (SNV и MNV) в клинически
значимых некодирующих областях генома;
Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов
Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и
дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с ограничениями);
Полное секвенирование митохондриального генома.
Метод исследования и его клиническая эффективность:
Секвенирование нового поколения (NGS) со средним числом прочтений каждого участка генома
не менее 70x (это означает, что каждый участок генома прочитывается в среднем 70 раз для
снижения влияния технических ошибок сиквенса на результаты исследования). При полном
секвенировании экзома после секвенирования панели генов дополнительно выявляются от 5 до
15% патогенных вариантов. Если тест выполнялся в качестве первой линии диагностики,
вероятность обнаружения причины заболевания составляет 15-40% в зависимости от
заболевания. При полном секвенировании экзома после клинического секвенирования экзома
дополнительного выявления вариантов патогенных вариантов в клинически значимых генах как
правило не происходит.
Ограничения метода:
Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие
псевдогены, паралоги, сегментарные повторы). Точность метода, также снижена в сложных
участках генома (GC богатые и poly-n участки).
Заключение по результатам исследования:
В результате исследования может быть получена информация о десятках тысяч генетических
вариантов, которые, как правило, являются непатогенными, даже если и находятся в клинически
значимых генах. Для оценки патогенности каждого обнаруженного варианта используются
специальные алгоритмы, которые позволяют выделить только варианты, которые с наибольшей
вероятностью могут быть патогенными. Таких вариантов может быть от нескольких до нескольких
десятков. Если при заказе исследования пациент представил медицинскую документацию, то
среди клинически значимых вариантов вариантов выбираются те, которые имеют отношение к
фенотипу пациента. В заключение включаются только варианты, являющиеся патогенными и
вероятно патогенными в соответствии с критериями ACMG или классифицированы таковыми в
базе данных ClinVar и имеющие связь с фенотипом пациента. К заключению прилагается файл со
всеми обнаруженными вариантами. Однако, следует знать, что интерпретация данных
секвенирования является непростой задачей, требующих специальных знаний. Только врач-
генетик, прошедший специальную подготовку может дать правильную консультацию по результатам исследования.
Как тест первой линии, когда нужно быстро поставить диагноз у пациентов с "широким
фенотипом", когда выбор какой-то панели затруднен
Как тест второй линии, в случаях, когда другими методами не удалось установить причину
заболевания, но есть высокая вероятность его генетической природы.
Для поиска возможно патогенных вариантов в генах с неизвестной клинической значимостью
(GUS). Для этого рекомендуется исследование пробанда и родителей (ТРИО).
Полное секвенирование экзома в некоторых случаях может быть полезно для переанализа
данных, когда может появиться информация о клинической значимости генов, которые ранее
были классифицированы как гены с неизвестной клинической значимостью (GUS).
Специальной подготовки не требуется.