Описание исследования

Секвенирование генома – определение всей последовательности ДНК в ядре клетки и в митохондриях.  На сегодняшний день это самое полное генетическое исследование, которое выявляет максимальное количество возможных генетических изменений, которые могут быть  причиной генетического заболевания.

Виды генетических изменений, определяемых полным секвенированием генома:

• однонуклеотидные  и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV;
• малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов;
• вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации различного размера;
• участки потери гетерозиготности и однородительские дисомии;
• варианты в митохондриальном геноме с детекцией гетероплазмии >5%;
• сбалансированные хромосомные изменения с определением точек разрыва (с ограничениями);
• экспансия тандемных повторов в 37 генах (с ограничениями).

В отличии от других исследований полное секвенирование генома определят наличие всех вариантов не только в кодирующих областях генома (экзонах) но и в некодирующих (интроны, нетранслируемые регионы, межгенные участки) на которые приходится до 5% патогенных генетических вариантов.

Подготовка к исследованию

Специальной подготовки не требуется.

Показания к исследованию

• Исследование первой линии при необходимости дифференциальной диагностики среди гетерогенной группы наследственных заболеваний (клинически схожей), при неспецифических сочетаниях врожденных пороков развития, при наличии которых затруднен выбор таргетного исследования;
• Исследование второй линии, при отрицательном результате прочих методов диагностики;
• Поиск мутаций в некодирующих областях генома.

Проведение полного секвенирования генома в качестве исследования первой линии, благодаря  широкому охвату видов генетической патологии,  позволяет получить точные результаты и сократить время постановки диагноза генетического заболевания.

Метод исследования и его клиническая эффективность: Секвенирование нового поколения (NGS) со средним числом прочтений каждого участка генома не менее 30x (это означает, что каждый участок генома прочитывается в среднем не менее 30 раз для нивелирования ошибок сиквенса). Следует знать, что полное секвенирование генома выявляет причину при подозрении на генетическое заболевание примерно у 50% пациентов в случае использования его в качестве теста теста первой линии.  При клиническом секвенировании генома после панелей или полного секвенирования экзома дополнительное выявление вариантов происходит в 5-8% случаев (прежде всего за счет детекции вариантов в некодирующих участках генома и определения CNV c высоким разрешением).

Ограничения метода:  Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы). Короткие тандемные повторы, точки разрыва и сбалансированные транслокации определяются с небольшой точностью. Точность метода, также снижена в сложных участках генома (GC богатые и poly-n участки).

Интерпретация исследования