Описание исследования
Панель "Наследственные заболевания почек" включает анализ 374 генов связанных с клинически
и генетически гетерогенную группой заболеваний почек, которые характеризуются не только
врожденными проявлениями, но могут манифестировать в первые годы жизни или во взрослом
возрасте. До 30% врожденных аномалий ассоциированы с патологией мочевыделительной
системы. Наследственные патологии почек могут иметь как структурные, так и функциональные
проявления: аплазия или дисплазия почек, кистозные изменения, обструкция, мегауретер,
гидронефроз, гематурия, протеинурия и другие изменения. Патология может быть изолированной
или одним из признаков наследственного синдрома. Установление точной причины заболевания
помогает определить прогноз для пациента и его родственников, определить риски повторения
данного заболевания в семье, скорректировать схему лечения.
Панель "Наследственные заболевания почек " включает в себя такие заболевания и синдромы
как:
Поликистоз почек
Синдром Альпорта
Наследственный нефротический синдром
Атипичный гемолитико-уремический синдром
Синдром Барде-Бидля
Гипофосфатазия
Гломерулосклероз
Нефронофтиз
Синдром Альстрема
и другие заболевания со схожими проявлениями.
Виды генетических изменений, определяемых панелью "Наследственные заболевания почек":
Однонуклеотидные и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV) в экзонах всех клинически
значимых генов;
Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов в экзонах всех клинически значимых
генов;
Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и
дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с ограничениями);
Метод исследования и его клиническая эффективность:
Секвенирование нового поколения (NGS) со средним числом прочтений каждого участка генома
не менее 70x (это означает, что каждый участок генома прочитывается в среднем не менее 70 раз
для снижения влияния технических ошибок сиквенса на результаты исследования). При
секвенировании генов, включенных в панель "Наследственные эпилепсии" , вероятность
обнаружения причины заболевания составляет 20-45% .
Ограничения метода:
Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие
псевдогены, паралоги, сегментарные повторы). Точность метода, также снижена в сложных
участках генома (GC богатые и poly-n участки).
Заключение по результатам исследования:
В результате исследования может быть получена информация о тысячах генетических вариантов,
которые, как правило, являются непатогенными, даже если и находятся в клинически значимых
генах. Для оценки патогенности каждого обнаруженного варианта используются специальные
алгоритмы, которые позволяют выделить только варианты, которые с наибольшей вероятностью
могут быть патогенными. Таких вариантов может быть от нескольких до нескольких десятков.
Если при заказе исследования пациент представил медицинскую документацию, то среди
клинически значимых вариантов вариантов выбираются те, которые имеют отношение к фенотипу
пациента. В заключение включаются только варианты, являющиеся патогенными и вероятно
патогенными в соответствии с критериями ACMG или классифицированы таковыми в базе данных
ClinVar и имеющие связь с фенотипом пациента. К заключению прилагается файл со всеми
обнаруженными вариантами. Однако, следует знать, что интерпретация данных секвенирования
является непростой задачей, требующих специальных знаний. Только врач-генетик, прошедший
специальную подготовку может дать правильную консультацию по результатам исследования.
Список основных генов, включенных в панель "Наследственные заболевания почек":
ACE, ACTG2, ACTN4, ACVR2B, ADAMTS13, ADCK4, AGT, AGTR1, AGXT, AHI1, ALG1, ALG9, ALMS1, ALPL,
ANKS6, ANLN, ANOS1, AP2S1, APOL1, AQP2, ARHGAP24, ARHGDIA, ARL13B, ARL6, ARMC4, ATP6V0A4,
ATP6V1B1, AVP, AVPR2, B9D1, B9D2, BAP1, BBIP1, BBS1, BBS10, BBS12, BBS2, BBS4, BBS5, BBS7, BBS9,
BCS1L, BICC1, BMP4, BMP7, BSND, C1QA, C1QB, C1QC, C21orf59, C2CD3, C3, C5orf42, C5orf52, CA2,
CASR, CC2D2A, CCDC103, CCDC114, CCDC151, CCDC28B, CCDC39, CCDC40, CCDC65, CCNO, CCNQ,
CD151, CD2AP, CD46, CDC5L, CDC73, CDKN1C, CEP120, CEP164, CEP290, CEP41, CEP83, CFAP53, CFB,
CFC1, CFH, CFHR1, CFHR2, CFHR3, CFHR4, CFHR5, CFI, CHD1L, CHEK2, CLCN5, CLCNKA, CLCNKB, CLDN16,
CLDN19, CNNM2, COL4A1, COL4A3, COL4A4, COL4A5, COL4A6, COQ2, COQ6, COQ8B, CRB2, CRELD1,
CSPP1, CTNS, CUBN, CUL3, CYP24A1, CYP27B1, CYP2R1, DCDC2, DDX59, DGKE, DICER1, DIS3L2, DMP1,
DNAAF1, DNAAF2, DNAAF3, DNAAF5, DNAH11, DNAH5, DNAI1, DNAI2, DNAJB11, DNAL1, DRC1, DSTYK,
DYNC2H1, DYX1C1, DZIP1L, EGF, EMP2, ENPP1, EPCAM, EVC, EVC2, EYA1, EYA4, F12, FAH, FAM58A,
FAN1, FANCB, FGF20, FGF23, FGFR2, FH, FLCN, FLG, FN1, FOXC1, FOXC2, FRAS1, FREM1, FREM2, FXYD2,
GALNT3, GANAB, GAS8, GATA2, GATA3, GDF1, GDNF, GLA, GLB1, GLI3, GLIS2, GLIS3, GNA11, GRHPR,
GRIP1, HLA-DQA1, HNF1B, HOGA1, HOXA13, HOXA4, HOXB6, HPRT1, HPSE2, HSD11B1, HSD11B2, HYLS1,
IFT122, IFT140, IFT172, IFT27, IFT43, IFT80, INF2, INPP5E, INVS, IQCB1, ITGA3, ITGA8, ITGB4, KANK2,
KCNA1, KCNJ1, KCNJ10, KIAA0586, KIF7, KL, KLHL3, LAMB2, LBR, LCAT, LEMD3, LIN28A, LMX1B, LRP2,
LRP4, LRP5, LRRC6, LYZ, LZTFL1, MAFB, MAGI2, MCIDAS, MCKD2, MEFV, MET, MITF, MKKS, MKS1, MLH1,
MSH2, MSH6, MUC1, MYH9, MYO1E, NEIL1, NEK1, NEK8, NIPBL, NME8, NODAL, NOTCH2, NPHP1,
NPHP3, NPHP4, NPHS1, NPHS2, NPS, NR3C1, NR3C2, NUP107, NUP205, NUP93, OCRL, OFD1, PAX2,
PBX1, PDE6D, PDSS2, PHEX, PIGA, PKD1, PKD2, PKHD1, PLA2R1, PLCE1, PLEC, PMM2, PMS2, POC1B,
PRKCSH, PTEN, PTH1R, PTPRO, RBM8A, REN, RET, ROBO2, RPGR, RPGRIP1L, RRM2B, RSPH1, RSPH4A,
RSPH9, SALL1, SALL4, SARS2, SBDS, SCARB2, SCLT1, SCNN1A, SCNN1B, SCNN1G, SDCCAG8, SDHA, SDHB,
SDHC, SDHD, SEC61A1, SEC63, SGPL1, SIX1, SIX2, SIX5, SLC12A1, SLC12A3, SLC12A6, SLC16A12,
SLC22A12, SLC25A13, SLC26A3, SLC2A2, SLC2A9, SLC34A1, SLC34A3, SLC3A1, SLC4A1, SLC4A4, SLC5A2,
SLC6A19, SLC6A20, SLC7A7, SLC7A9, SLC9A3R1, SLC9A6, SMARCAL1, SMARCB1, SOX17, SPAG1, STAR,
STRA6, STX16, TBC1D32, TBX18, TCTN1, TCTN2, TCTN3, TFAP2A, THBD, TMEM138, TMEM216,
TMEM231, TMEM237, TMEM67, TNIP1, TNXB, TP53, TRAP1, TRIM32, TRPC6, TRPM6, TSC1, TSC2,
TTC21B, TTC8, UMOD, UPK3A, VDR, VHL, VPS33B, VWF, WDPCP, WDR19, WDR34, WDR35, WDR60,
WDR73, WNK1, WNK4, WNT4, WT1, XPNPEP3, ZIC3, ZMPSTE24, ZMYND10, ZNF423.
