Диагностика инфекционного мононуклеоза основывается на клинической картине, характерных изменениях в клиническом анализе крови и результатах серологических тестов . Ко второй неделе заболевания развивается относительный и абсолютный лимфоцитоз с присутствием 10-20% атипичных мононуклеаров. Антитела к антигенам вируса появляются достаточно быстро, и исследование в остром периоде заболевания даже однократное взятие сыворотки на разные виды антител может дать достаточно точное представление о наличии иммунитета или восприимчивости пациента к инфекции вирусом Эпштейна - Барр, текущей инфекции или реактивации.

Дополнительным подтверждением течения острых стадий инфекции может служить выявление ДНК вируса Эпштейна - Барр в крови и/или слюне , соскобе слизистой методом ПЦР. ПЦР-тестирование особенно полезно для выявления данной инфекции у новорожденных, когда серологические исследования мало информативны вследствие незрелости иммунной системы, а также в сложных и сомнительных случаях.

Определяемый фрагмент-уникальная последовательность ДНК гена рецепторного белка вируса Эпштейн-Барр.Специфичность определения — 99%.